在《塞尔达传说：智慧的再现》发售之前，有粉丝指出该游戏的地图与《塞尔达传说：众神的三角力量》极为相似。如今真相大白，原来在任天堂和Grezzo决定采用“回响”这一概念并让塞尔达公主担任主角之前，这款游戏曾计划作为SNES经典游戏《众神的三角力量》的续作。然而，随着项目的全面开发，这一想法发生了改变。

联合导演Tomomi Sano谈到游戏的开发过程时表示：“我们首先确定了游戏玩法和具体场景。一旦确定这些，比如水和森林相关的场景，我们就选择特定的种族——水场景中是河之卓拉人和海之卓拉人，森林场景中是Deku Scrubs人。Grezzo曾负责《塞尔达传说：姆吉拉的假面》的重制版，其中包含这些种族。我们希望以符合游戏逻辑的方式引入它们。”

尽管地图存在相似之处，《塞尔达传说：智慧的再现》仍独具特色。开发团队在确定最终方案前探索了多种不同的选择。此前有消息称，《智慧的再现》原本允许玩家自行创建地牢，甚至林克在游戏中也差点能够开口说话。